การใช้สมุนไพรเปรียบเสมือนดาบสองคม สิ่งใดก็ตามที่มีประโยชน์มากสิ่งนั้นก็อาจมีโทษได้เช่นกัน เพราะฉะนั้นการใช้สมุนไพรก็ควรจะใช้อย่างระมัดระวัง ศึกษาสรรพคุณให้เข้าใจอย่างถ่องแท้ หรือปรึกษาผู้รู้ ผู้เชี่ยวชาญก่อนใช้
1.อันตรายที่เกิดจากโรคที่ขาดการรักษา เช่น
เบาหวาน ปัจจุบันยังรักษาให้หายขาดไม่ได้ คนไข้หยุดการรักษาที่ถูกวิธี หันมาใช้สมุนไพรแทนซึ่งไม่มีประสิทธิภาพพอ ส่งผลให้โรคกำเริบได้ภายหลัง
2.อันตรายที่เกิดจากฤทธิ์ของสมุนไพรโดยตรง เช่น
ผลแก่มะเกลือ มี Naphthalene เป็นพิษต่อประสาทตาโดยตรง ใบยี่โถ มี Cardiac Glycosides ออกฤทธิ์ร้ายต่อหัวใจและระบบประสาท
3.อันตรายจากสารเจือปนในสมุนไพร เช่น
แหล่งปลูกใกล้เขตอุตสาหกรรม พบ สารปรอท ก่อพิษ ปากเปื่อย เหงือกอักเสบ ไตวาย สารหนู ก่อมะเร็ง และสารตะกั่ว โลหิตจาง กล้ามเนื้ออ่อนแรง เป็นต้น